SOCOM

알래스카
알래스카에서 송유관이 사보타주로 폭발하여 알래스카에서 북미로 제공되는 원유 공급이 차단된다. 테러의 범인은 구소련의 잔당들로 이루어진 '아이언 브라더후드'가 일으킨 테러였다.
씰팀은 알래스카 해상에 있는 바지선과 화물선에 침투하여 러시아에서 알래스카로 밀거래되는 군수품에 대한 정보를 취득한뒤 선박들을 폭파시켜 테러범들의 보급을 차단한다.
그 후 설원에 버려진 벌목장에 테러범들의 아지트에 침투한다. 침투 도중 발각되어 경보가 울린다.[1] 경보가 울려 정보를 삭제하기 전에 테러범들의 노트북을 회수한다. 테러범들 중 포섭한 '핀쿠션'이라는 조직원을 생포한 뒤, 테러범들의 무기보급 화물들을 파괴하여 철수한다.
하지만 궁지에 몰린 테러범들이 이번엔 해상의 시추선을 점거하여 인질들과 폭탄을 설치한 뒤 농성을 벌인다. 다시 한번 시추선에 침투한 씰팀이었다. 시추선 내 테러범들은 정기적으로 무전을 이어가며 경계중인 상황. 옥상과 급유탑의 저격수들을 탐색하고 처치하자 정기적인 인원점검 중 저격수들의 무전이 두절되자 아이언 브라더후드의 리더는 설치한 폭탄을 가동시켰고 경계를 강화한다. 씰팀은 설치된 3개의 폭탄을 해체하고, 각 건물들을 확보헤나가며 억류된 인질들을 구출하고 적들을 처치하는데 성공한다.

태국
태국 근해에서 생화학 물질을 밀수입하는 함선을 '리다 루즈'라는 테러범들이 선원들을 모두 몰살한뒤 생화학 물질을 탈취한다.
씰팀은 강둑 섬들에 있는 리다 루즈의 초소에 침투한다. 몰래 침투하여 적들에게서 생화학 물질을 들여왔다는 대화를 엿듣고 초소내 적들을 소탕하고 보트들을 사보타주 한뒤 초소 본 건물로 도착했지만, 화물은 이미 빼돌린 상태였고, 화물 목록만 있었다. 화물 목록만 가져와 잔당들을 추적했지만, 리다 루즈는 종적을 감춘다.
어느 날, 태국 주재 오스트리아 대사 내외가 리다 루즈에게 인질로 억류된다. 몸값을 요구 했지만 그렇게 되면 테러범들에게 군자금을 주는 셈이 되어 대사 내외를 구출하기 위해 씰팀이 투입된다. 공격전 마을의 큰 오두막 밑에서 현지 주민들의 대화를 엿들어 대사 내외 행방을 알아낸뒤 대사 내외를 구출하는데 성공한다.
리다 루즈의 잔당들과 리더 '배드독'이 정글 깊숙한 버려진 사원에 있다는 정보를 얻은 씰팀은 외부 경비병들을 정찰 후 처치 한뒤, 배드독도 생포한다. 사원 지하에서 탈취된 생화학 물질을 확보한뒤 적들이 도주를 위한 통로를 봉쇄하여 잔당들을 소탕하는데 성공한다.

콩고 공화국
동유럽 출신의 용병들이 콩고에 주둔한 미군들을 습격하여 인질로 억류한다.
먼저 씰팀은 강가에 위치한 적들의 초소에 침투한다. 거기서 아군들을 억류한 수용 캠프의 위치가 담긴 지도를 확보하고 비축된 보급품들을 파괴한다.
전 미션에서 확보한 지도에 위치한 수용 캠프에 도착한 씰팀 예상대로 그곳에 적들이 미군 포로들을 고문하고 있었다. 수용소와 동굴까지 샅샅이 수색하였지만 포로 3명을 제외하고 2명이 없었다. 먼저 포로 3명을 구출하고 일단 철수하게 된다.
나머지 포로 2명은 콩고 정글 깊숙한 제 1차 세계대전에 사용됐던 버려진 벙커에 있다는 정보를 얻고 침투한다. 먼저 3개의 방어용 벙커를 레이저 조준기로 F/A-18E의 항공 지원으로 파괴한뒤 지하 벙커로 침투하여 나머지 억류된 포로들을 구출한다.

투르크메니스탄
'알 카디'라는 이름의 형제가 휴대용 가방형 핵무기를 밀거래를 통해 거래한다. 이들은 투르크메니스탄에서 악명이 자자한 '사디카후'라는 테러집단이었다.
하지만 이 지역에서 정보는 제한적이었기에 자세한 정보가 필요했다. '미스터 피클'이라는 정보원이 이들에 잠입하여 정보를 얻는 중 정체가 탄로나 연락이 두절되었다. 그가 억류되어 있는 구소련의 옛 시설에 침투한 씰팀. 외벽에 폭탄을 설치하여 큰소음으로 적들을 유인한뒤 기지내 전력을 차단하고 정보원을 구출하지만 적들의 공격헬기가 막아선다. 우여곡절 끝에 헬기를 격추하고 정보원과 정보원이 만든 테러범들의 지도를 획득한다.
테러범들이 있는 동굴에 도착한 씰팀. 외부부터 무전을 차단하고 동굴안으로 침투하지만 적들이 미국놈들에게 우리들의 힘을 보여주겠다며 핵무기들을 가동한다. 밀려드는 적들을 방어하면서 핵무기 하나를 해체하는 데 성공하지만 회수하기가 어려운데다가 적 지원군들이 이동중이라 핵무기 하나를 폭파시켜 나머지 핵무기 하나도 같이 폭파로 제거한다.
핵을 이용한 위협이 실패로 돌아가자 알 카디 형제는 사디카후 잔당들과 함께 폐허가 된 도시에서 철수 비행기를 대기하면서 폐허에 숨어 있는다. 하지만 뒤이어 도착한 씰팀에게 알 카디 형제와 테러범 잔당들도 모조리 처치된다.

알바니아
' 쎄서리 신디케이트 ' 라고 하는 암시장을 무대로 무기 암거래를 전문으로하는 조직에대한 인텔을 입수한후에, 이들의 무기저장고가 위치한 지역에 잠입하여 ' 말라드 ' 라고 불리우는 정보원에게 인텔을 얻고 마을로 침투해 ' 포어맨 베스닉 ' 이라는 중간 리더를 생포하고, 2군데의 불법무기 창고에 저장되어있는 무기를 사첼로 날린다
이후 쎄서리 신디케이트는 자신들의 불법무기 저장고가 파괴되어 상당히 당황한듯 보이며, 씰팀은 쎄서리 신디케이트가 점거하고 불법무기 및 잡동사니의 암거래 포인트로 삼고있는 버려진 구소련시대의 공장으로 침투하여 암거래 예정인 무기와 인텔확보, 루고바장군의 신병을 확보하고 신속히 탈출한다
자신들의 거점을 잃게된 쎄서리 신디케이트 수뇌부는 알바니아 정부로부터 강탈한 오래된 고지대에있는 알바니아식 성에 은거하며 탈출계획을 짜는동안, 씰팀은 신속히 MH-47로 신속히 강습, 미로같은 알바니아식 전통 요새성을 헤집으며 암시장 상인, 조직의 리더인 피우스 플라츠, 카스트리오트 쎄서리를 생포하고, 몇몇 인텔을 입수하여 쎄서리 조직에게 의뢰를한 의뢰인들의 정보를 입수하게된다

브라질
RAFB 라고 불리는 브라질 혁명무장조직이 정글, 파벨라(빈민가)를 거점으로 활동하며 해방구를 설정, 불법마약거래로 자금을 충당하며 브라질 정부를 위협하고 있어, 브라질의 협조요청과함께 씰이 투입된다.

알제리
알제리의 상황이 ' 헤이다르 마무드 ' 라는 장군이 지도하는 APF(알제리 애국전선)라는 단체에의해 급박히 돌아가게 된다
알제리 대통령은 개인적으로 마무드와 친분이 있는 관계였지만, 처형된듯하다는 인텔과 함께, 지역 재건을 위해 들어간 CHA 재건지원 대원들이 고립괴었다는 소식이 알려지며 그들을 구출하기위해 씰이 야간을 틈타 베자이아시의 해변도시로 급파된다
길 곳곳의 GPMG와 T-72 탱크의 위협을 뿌리치며, 살아남은 CHA 재건지원 대원을 구출, 증원되는 APF 병력을 헤치며 긴급철수한다
하지만, 베자이아시 곳곳에 CHA 평화유지군도 APF 세력에게 공격을 받아 시내 곳곳에 고립되어있어, 씰팀은 재차 투입되어 T-72를 비롯한 기갑장비를 동원한 APF 반란군과 교전하며 CHA 평화유지군들을 구출후 철수한다
NAPF 군과 교전하며 이들을 최대한 막아봤지만, 이미 사태는 걷잡을 수 없이 흘러가 모든 요인을 철수시키기위해 씰팀이 대사관으로 급파, 대사관 직원들이 미처 파기하지 못한 인텔을 확보 / 파기하며 남은 대사관 직원과 함께 MH-60 페이브호크로 긴급철수한다

러시아
' 포세 마저르 ' 라는 테러리스트 단체의 활동이 동유럽 정보원에 의해 전달되어 씰팀이 이들의 작전능력 및 꿍꿍이를 알아내기위해 러시아 스페스나츠와 함께 캄차카 반도 켈스키 해의 버려진 항공 시험단지로 침투하여 실험실을 폭파해가며
각종 정보를 확보하고 USS 미시건호로 철수한다 이곳에서 확보한 인텔을 분석, 확인한결과, 이 단체가 미국을 위험에 빠뜨릴 핵폭탄 제조를 계획하거나 이미 실행중이라는 확신을 얻었는데, 구소련의 핵미사일 저장고를 사들여 저장고로 개조하여 핵연료를 저장하고 있던 노턴스타사의 시설에 방사능 물질의 유출이 일어났다는 소식이 들려오고, 전미션에서 확보한 인텔로 인해 이게 실제 누출이 일어난건지, 아니면 ' 포세 마저르 ' 라는 단체가 핵무기 제조에 필요한 원료를 확보하기위해 벌이고있는 활동인지 확인하기위해 핵관련 스페셜리스트인 ' 플랫풋 ' 과 함께 저장고에 진입, 확인한결과 ' 포세 마저르 ' 란 단체의 멤머들이 정화크루로 위장하고 핵물질을 빼돌린것을 확인, HH-60 페이브호크로 긴급철수한다
얼마후, 이단체가 ' 비터문 ' 이라는 화물선을 납치하여, 화물선을 저장고에서 빼돌린 핵물질을 가득채워 시애틀 인근에서 폭파시켜 최악의 방사능 물질 테러 (더티 밤)를 일으킬 것이라는 정보가 입수되어 씰팀이 긴급투입되어 리더인 ' 발렌스카 루카노 ' 를 확보후, 기폭장치 해체와 화물선 확보를 수행해 나간다(아니나 다를까, 노턴스타사의 핵연로 사일로에서 훔쳐낸 방사능 물질이 화물창에 가득 차있었다) 최악의 사태를 대비해 잠항하여 배를 침몰시킬 준비를 하던 USS 미시건호에 신호를 보내며 임무 수행 완료를 알리며 미션이 끝난다
알고보니, ' 포세 마저르 ' 라는 단체가 쎄서리 신디케이트에게 의뢰한 단체중 하나였으며, 이들이 쎄서리파를 배후조정하여 씰과 대적하게하여 자신들의 활동을 위한 시간을 번것이었다 (첫번째 미션의 정보원 말라드가 실은, 이단체를 위해 활동하고 있었다 발렌스카 루카노가 위치하고 있는곳 밑층에 다른 테러리스트와는 다른 특이한 옷을 입은 놈들 둘이 대화하는걸 엿들으면 알수있고 그들중 한명이 맨처음 미션에서 봤던 정보원 ' 말라드 ' 인걸 확인가능하다)

모로코
2편에 등장했던 알제리 애국전선(APF)의 수괴 헤이더 마무드가 세력을 좀 더 확장했는지 이번엔 모로코에서 북아프리카 애국전선(NAPF)을 결성하였다. 서방세력의 고립정책으로 인해 우리는 신음하고 있는데 힘을 합쳐 위대한 아프리카를 탄생시켜야 한다고 연설하며. 연설이 끝나자마자 국제기관이 보낸 특사를 즉결처분하면서 반군들의 열렬한 지지로 많은 도시를 점령한다. 이에 미군은 스펙터(주인공), 제스터, 킬조이, 심플 4명의 팀을 구성해 작전을 수행하게 한다. 팀은 모래사자라고 불리는 나비드 사미르가 이끄는 민병대와 협력하여 NAPF의 보급선과 통신시설을 차단시키며 점령당한 도시를 차례로 탈환한다. 이후 국제연합군 상륙을 저지하려고 설치된 중국산 재래식 미사일 발사대 4대를 무력화 시키는데 성공한다. 그때 NAPF에서는 내분이 일어났는데, 헤이더 마무드는 자신의 부하들이 죽어가는데도 아랑곳하지 않고 자기 동상을 몇 m로 쌓을지나 고민하고 있었다. 결국 참다 못한 2인자 사르와트 대령이 마무드를 회의장에서 죽여버리려고 하지만 총알이 다 떨어져 마무드에게 역으로 털리고 마무드는 대기해놓은 헬기로 유유히 도망간다. 직후 쫓아온 팀은 사르와트 대령을 생포한다. 사르와트 대령의 심문을 통해 도주한 마무드의 은신처를 알아내고 그를 발견한다. 마무드는 이 안에 달러가 엄청 많으니 자기를 풀어달라고 거래를 시도하지만 당연히 스펙터 팀은 쿨하게 씹고 체포한다.

벵갈 만
벵갈 만에서 호주 국적의 화물선 브라이크넥호가 실종되었다. 이를 납치한 세력은 해적 하리 라만이 이끄는 "피스트 오브 파이어", 해당 배에는 화학무기와 미사일이 실려있었는데 해적들의 손에 넘어가 암시장에 풀리기라도 하면 큰일이 날 테니 미군은 스펙터와 제스터를 파견한다. 영국 역시 해군 특전대(SBS) 요원 쵸퍼와 플래시를 같은 팀으로 붙여준다. 강가를 거슬러 올라가며 해적들의 전진 기지를 제압하면서 브라이크넥호가 마지막으로 위치가 잡힌 곳으로 향한다. 실종된 배들이 가득 쌓인 해체장에서 브라이크넥호를 발견했지만 배는 이미 텅 비어있었고 미사일은 이미 옮겨진 후였다. 팀은 포섭된 현지 원주민 '맥파이'의 안내하에 더 깊숙한 내륙의 정글로 향한다. 맥파이는 해적들의 기지를 찾으려면 몇몇 마을에 몰래 잠입하여 주민들에게서 정보를 얻어야 한다고 했다. 그러나 주민들 중에는 이미 해적과 한통속인 자도 있고 그렇지 않은 자도 있으니 주의해서 정보를 캐야한다고 했다. 조심히 정보를 캔 바에 따르면 해적의 보급기지가 강 상류에 있다고 한다. 강 상류로 이동하던 도중 도망쳐온 원주민을 만나는데 그는 해적들이 맥파이가 배신했다는 것을 알아차렸고 맥파이의 아내와 딸은 물론 마을사람들까지 모조리 쏴 죽이고 있다고 말했다. 분노한 팀은 잠시 계획을 바꾸어 마을을 불태우는 해적들부터 토벌하고 보급기지까지 파괴시키는데 성공한다. 때마침 방글라데시 정부가 해적 본거지의 위치를 알아내는데 성공했고 팀은 대장 하리 라만, 2인자 이브라힘 압바스를 생포하고 선장과 1등 항해사를 구출하는데 성공한다. 미사일 역시 안전하게 회수하는데 성공하고 복귀한다.

원래 해당 스토리는 방글라데시로 되어있었지만 출시 전 방글라데시 정부의 항의로 인해 지명이 방글라데시가 아닌 남아시아로 대충 얼버무려졌다.

폴란드
NSO(신슬라브회) 라는 테러리스트 조직의 내부에 잠입하여 활동하던 첩보원이 발각되어 생체실험실에 감금되어 이 단체가 만들고있는 대량학살무기(WMD)인 신경가스의 위력 테스트의 희생양으로 죽는 다소 음침한 인트로와 함께 시작된다
씰은, 이들이 무엇을 계획하는지 알아내기위해 NSO가 점거하고있는 폴란드의 한 마을에 야밤에 폴란드 그롬 대원들과함께 침투, 오래된 풍차를 폭파하는 양동작전을 벌이며 중간급 리더인 팻캣의 집에 도청장치를 설치하며 은밀히 철수한다
도청장치를 통해 확인한 결과, 이들은 개발한 신경가스를 폴란드 조선소에서 열리는 진수식에 참석하는 폴란드 영부인 ' 루드밀라 자롭스카 ' 여사를 납치하기위해 사용하기로 계획중이었으며, 이에 씰, 그롬 팀은 진수식이 열리는 조선소로 헬기를 통해 급파되지만, 헬기는 격추되고... 간신히 영부인의 신병을 확보, NSO 테러리스트의 보트를 노획, 치열한 교전을 벌이며 현장을 빠져나가 영부인을 철수시키고 자신들의 계획이 실패한것을 알고 도망치기 바쁜 NSO 테러리스트 잔당을 소탕하고 철수, 이 비인륜적인 공격을 계획후 실행한 NSO가 점거하고있는 마을(폴란드 첫째 미션에서 정찰한 마을) 소탕해나가는데, 중간급 리더는 집에서 달아난 후였고, 추적을 계속하던 씰팀과 그롬은 거대한 규모의 소금광산을 발견하게 되고 조심스럽게 안으로 진입하여 모든 NSO 테러리스트를 소탕후 팻캣이 은거하고있는 은거지를 향해 나아가며 적들을 소탕후, 팻캣을 확보한다
팻캣을 심문한결과, NSO는 폴란드와 체코의 국경이 인접한 폭우로 인해 침수된 마을의 한 양조장에서 화학무기를 생산 및 저장하고 있으며, 거기에는 신경가스의 개발을 맡은 ' 바시아 미로노바 ' 박사와 NSO의 리더 ' 크리츠토프 그릭 ' 이 있고, 그들이 범람한 강을 이용하여 자신들의 화학무기 제조시설을 분해하여 옮길 준비를 하느라 분주하다는 사실을 확인, 최종 소탕작전을 위해 야간에 은밀히 잠입하여 리더가 위치하고 있는 건물을 정찰, 일출후 최후의 결전을 시작한다
크리츠토프 그릭이 있었던 건물을 확인한 결과, 이미 도주해있었고 어쩔수없이 양조장으로 향하는 길을 뚫으며 목표한곳에 도착, 그곳에서 저항하는 ' 바시아 비로노바 ' 박사를 사살한다
하지만, 도주했던 ' 크리츠토프 그릭 ' 이 남은 NSO 잔당들을 모두 모아 씰팀과 그롬 부대가 장악한 양조장으로 자살공격을 시도하지만 치열한 교전끝에 씰팀과 그롬부대는 NSO의 두뇌인 ' 크리츠토프 그릭 ' 을 사살후 철수한다
뉴스에는 NSO 테러리스트와의 교전에 씰팀이 참여했다는 찌라시를 부인하는 소식이 흘러나온다

말레이시아